1. в менеджере уведомлений настройте на сообщение without transaction ID
trans_id не является биржевым параметром, его устанавливает сервер.
Сервер запоминает trans_id и отправленную транзакцию на биржу.
Когда приезжает ответ на транзакцию, в нем содержится номер заявки. Таким образом сервер понимает на какую заявку какой trans_id требуется установить.
И когда приезжает заявка с указанным номером, на ней тут же проставляется trans_id.
Однако, бывают случаи, когда заявка приезжает раньше чем ответ на транзакцию. Это обусловлено тем что транзакции и сами заявки едут разными, не синхронизированными потоками.
В такой ситуации сервер не знает какой trans_id установить на заявке и отправляет ее клиенту как есть, то есть с пустым значением.

2. Нет. В управлении агентами кнопку АН, меняете нужное и запускаете агента. Закрывать из менеджера команд ничего не нужно.
Либо через панель управления вывести в агенте то, что нужно изменить.
Управление сущностью лотами в позиции меняется и там и там по формуле АН*Блок.
4. при чем тут .. у вас может и сто агентов быть запущено. и позиция на счете быть 0, при этом программа будет вести 100 разнонаправленных позиций. Когда позиция будет закрываться, т.е. пойдет заявка брокеру, вот тогда комментарий и будет иметь значение и то, даже если вы эту заявку перехватите, программа узнает об отмене и просто выставит следующую.
5. нет
6. Кубик количество работает по позиции, по инструменту такого нет.