Вы можете иметь на машине одновременно ТСЛаб 1.2 + 2.0.
Но нельзя на одной машине в одной учетной записи иметь два ТСЛаб 2.0.
Поэтому Вы запускаете агентов к двум подключениям из одного ТСЛаб 2.0.

Скрипты не нужно дублировать.
На одном скрипте у Вас может быть 100500 агентов.
(Грубо говоря, скрипт -- это класс (в терминах ООП). Агент -- экземпляр этого класса.)
Вы просто при создании агента указываете на каком инструменте он работает.
И как раз в этот момент выполняется привязывание к счету (фактически, к реальному провайдеру).

Единственное, рекомендовал бы Вам давать агентам разумные имена (там есть поле куда можно ручками вписать ласковое имя).
Например, у меня агенты опционные и зависят от серии и базового актива.
Поэтому они называются примерно в таком духе "rt-SRZ6-Dec" == "Real Trading -- Опционы на фьючерс SRZ6 -- Декабрьская серия".
У Вас они могут называться к примеру "wh-Name1-SRZ6", "ht-Name1-SRZ6".
При этом приставка будет сразу показывать через какой коннектор идет вывод заявок в рынок.