Всё работает нормально, купил акции Сбербанка на 90% MS счета (осталось меньше тысячи рублей), а затем поставил заявку на покупку 5 лотов на RF счете. В итоге счет ЕДП сбалансировал всё верно и заявка нормально сработала.

Тему можно закрывать.