Почему агент совершает сделки на бар раньше, чем сам скрипт. И как исправить это?

Это лучше в поддержку со скриптом и логом.
Проверьте стоит ли патч времени от 12 апреля 2016, как правило отсутствие патча может играть роль.
Может сам скрипт, какие-то расчеты индикаторов.
Может быть время в своих сделках присылает брокер на бар раньше.(например если брокер не поддерживает миллисекунды в заявках, то легко может оказаться вход на другом баре)