1. Я думаю уже удаляли программу. Файлы в папке остались, потому что на них накладывались ночные сборки и/или апдейты.
2. Да, можно просто удалить папку и заново установить.
...открывается папка с файлами конфигурации TSLab 2.0, а не TSLab 1.2.
попробовал у себя, открывает 1.2. Сохрание скриптов просто запоминает последнюю выбранную папку, поэтому если сохраняли в 2.0, то следующий раз эту папку и откроет.