Настройки менеджера уведомлений не сохраняются в файле конфигурации. Тут как-то переставлял программу и выяснил данную неприятную деталь. А там ведь, например, пока параметры почты введешь, потом фильтры настроишь... Надо бы доработать.
Далеко не все сохраняется в файле конфигураций. Скрипты, настройки приложения, ... Для этих целей можно и нужно использовать создание/восстановление резервной копии данных. Там все эти данные сохраняются.