Если я через функцию "резервное копирование" перенесу все данные из версии 1.1 в версию 1.2 - эта операция корректна?
Мешать потом друг-другу не будут через какие-нить общие файлы?

Резервное копирование между версиями не возможно. Утилита переноса данных запланирована, но пока ее нет.