Я создал скрипт, в нем есть несколько индикаторов EMA
я запустил оптимизацию на 100 000 проходов и потом на 9 000 000.
В результате в окне результатов оптимизации не было ни 1 строки.

На других параметрах оптимизация в 20 000 проходов дала только 1 результат и который был хуже текущего.
В следствии чего это может происходить?

В настройках программы есть параметры, можно остановить оптимизацию, если компьютер не справляется.
Рекомендации давались на форуме. Делайте сначала оптимизации с большим шагом, чтобы отсечь те параметры, при которых скрипт точно убыточен, далее уменьшайте шаги параметров индикаторов ступенчато, пока не найдете нужные.
Ну либо найти вариант машины 64бит с большими ресурсами, как правило это недорогие хостинги.

Посмотрел настройки - повысил параметры, однако возможно я не совсем понятно сформулировал проблему:
я у меня есть 3 оптимизируемых параметра.
я запускаю скрипт и в некоторых случаях (если в источник поставить например Сбербанк) результат оптимизации это туча строк с разными параметрами.
а в другом случае тот же скрипт, но вместо Сбербанка, например, Газпром. В окне сделанной оптимизации нет ни 1 строки.
Хотя если вручную менять параметры можно и улучшить и ухудшить результаты.

В следствии чего это может происходить?

Нужно предметно разбираться.
Можете в службу поддержки http://support.tslab.ru/ прислать скрипт и данные, если текстовые?