Такое бывает, если сначала сделать оптимизацию, потом изменить скрипт. Оптимизированное уже не будет совпадать, по понятным причинам.
Еще возможны сценарии такого поведения, нужно хотя бы видеть скрипт, что он и как делает, что бы рассуждать о них.
Когда есть вопрос о работе с АПИ, всегда можно легко проверить себя, создав в визуале прототип и посмотреть ,что сделал кодогенератор. На одном уровне с папкой логов - папка temp, новые компиляции *.cs идут сверху.