если 1 сек таймфрейм и пересчет интервал - то либо ваш скрипт считается что то в районе пол секунды, либо данные с биржи прилетают с большими задержками. Других вариантов особо быть не может в плане пропусков. Но вообще адекватно написать код можно только на АПИ. Вы же в МТ5 на нем пишете . Если переписать код на АПИ то и на пересчете сделка все работает железно без пропусков и норм.
Ну а сравнивать время показываемое в двух терминалах - ну не очень. Что они там замеряют то? Еще нужно понять.