В доках не нашел ответ.
Каким операндом (И/ИЛИ) соединяются несколько строк внутри окна Фильтр каждого обработчика уведомлений? http://prntscr.com/bin9rf
Если, например, добавить строчки фильтра "По номерам", "По времени" и "Ошибки"..

"Или" - нет. А сам фильтр работает как "И", исключая всё остальное.
Т.е. ставим время
Потом ставим по номерам.

Таким образом фильтр будет работать:
Сначала будет пропускать только события во временных рамках.
Внутри этого он будет пропускать события с номерами.

Т.е. фильтр работает так:
если ничего не включено, пропускает всё.
Если включено что-то, то он будет пропускать только это включенное, если включенные фильтры не исключают следующие фильтры.

Если я в одной строчке введу список номеров, 1,2, 200 ..
А позже захочу добавить ещё один номер, я могу создать новую строчку или нужно удалять старую и создавать заново мультисписок номеров?

попробуйте.

Поясните:
"Параметр с именем _____ содержит _____
Отфильтровываются все сообщения, содержащие параметр, указанный в первом поле ввода, и значение, указанное во втором поле ввода."

Что есть "Параметр" и приведите примеры использования.
Могу ли я отфильтровать события 250 (сделки) по портфелю Х, который не используются ни в одном агенте (сделки вне ТСЛаба)?

Каждое сообщение внутри программы содержит поле контекса. В него может заноситься произвольная информация в виде коллекции параметр=значение.
Например при соединении с поставщиком приходит сообщение:
"Вы подключились к поставщику данных 'ххх'".
В контексе этого сообщения есть параметр DSName со значением ххх.
Т.е. если задать фильтр "Параметр с именем DSName содержит ххх" то будут приходить только сообщения о соединении/рассоединении по поставщику ххх.
К сожалению в данный момент параметры для сообщений недокументированы.
События 250 отфильтровать по этому фильтру нельзя т.к. при сообщениях о сделках извне ТСЛаба контекс пустой.
В дальнейшем есть планы по переработке системы логирования/уведомлений.