О как оказывается.
Я сохранял конфигурацию через Файл>Конфигурации>Сохранить и Сохранить как
Через этот метод конфигурации, для окна сделки по инструментам, настройки не сохранялись.
Попробовал сохранить через кнопку дискеты (сохранить конфигурацию) и после перезагрузки настройки сохранились.
Получается настройки не сохраняются через путь Файл>Конфигурации>Сохранить или Сохранить как