Такая же проблема и в 1.2 версии
Сохранил настроенную конфигурацию, перезагрузился, настройки для остальных окон сохранились, а для окна сделки по инструментам нет.
Все настройки этого окна слетели, и все настроенные инструменты исчезли.
Как этого не заметили другие пользователи кто давно юзает программу?