Матожиданию по барабану сколько портфелей. В итоге для депо считается все как одно целое. Так что, что в одном портфеле Вы 100 позиций на один инструмент пооткрываете, что в 100 портфелях по одной сделке. Для общего депо результат будет один. Так что выбирая из двух вариантов следует отдать предпочтение работать в одном портфеле, так проще скрипты отслеживать.