Еще несколько наблюдений, касающихся данной ошибки:
Заметил, что появляется довольно быстро после начала оптимизации, если указано достаточно большое количество проходов (500 000-1 000 000). Особенно, если минут через 10-15 начать переключаться по закладкам программы.
Или же, если указано меньшее количество проходов, но оптимизация занимает более часа-полутора.
Попробовал запустить в версии 2 довольно простой скрипт с двумя параметрами, созданный в версии 1.2 - оптимизация валится через 10 минут.