Все началось с того что скрипт стал периодически открывать позиции не тем количеством лотов которое в нем установлено. После чего через какое то время, уже не скриптом, стали открываться позиции по тем же инструментам.
Я слежу за работой скриптов и вовремя все поправлял, мало придавал этому значения. Только вот сегодня сделка произошла при выключенной программе. Выключил все в 11:10, сейчас захожу и вижу что у меня сделки в 14:10 открытые.
Это с чем может быть связано?

активный стопы, лимитки не убранные. Много может быть чего такого.

Нет ни каких стопов и лимиток, все входы и выходы по рынку стоят

Судя по описанию - у брокера стоят условные заявки, снимите их.

Это где они отключаются?

Вы когда-то выставили какие-то заявки, которые сейчас стали исполняться. Посмотрите в таблице своих заявок. Есть не исполненные заявки? Если есть, снять их можно из менеджера заявок.

Нет, заявки выставляются сами, и тут же исполняются. Причем номер заявок сильно отличается от тех которые выставляет скрипт или я сам руками.

Случаем не квик? Если квик то:
http://forum.tslab.ru/ubb/ubbthreads.php?ubb=showflat&Number=66621#Post66621
http://forum.tslab.ru/ubb/ubbthreads.php?ubb=showflat&Number=58735#Post58735

Если не квик, то сюда обратитесь с логом программы и номерами заявок: http://support.tslab.ru/