Да так.
Сама по себе комиссия брокера по сравнению с проскальзыванием ничто. Проскальзывание зависит от типов выставляемых заявок и инфраструктуры, в первую очередь интернет.
Вы можете выставлять условные заявки без проскальзывания на реале, тогда в скрипте проскальзывание можно ставить небольшим. А если Вы используете заявки по рынку и с большим лотом, то и в скрипте для оптимизаций и тестирования нужно ставить большую комиссию. Если лимитные, то возможно комиссию нужно учитывать брокерскую, но всегда ли лимитки будут исполняться на реале.
На Ваш вопрос нет однозначного ответа.
Включаете систему в торговлю и смотрите какие проскальзывания даёт Ваш скрипт совместно с Вашей инфраструктурой, а потом это используете в тестировании.
Такой подход правильный.
Если нужно просто приглядеться, и заявки условные или лимитные и на вид всегда исполняются и кол-во на входе не превышает 3 лотов, ставьте 20 на ртс, остальное по 3.
Если заявки по рынку, ставьте ртс 40, остальное по 5.