Короче, проще всего сделать как обычное виндовое сохранение - чтобы открывалось окно винды, в котором можно создать сколько угодно папочек по именам скриптов (ГРУППЫ скриптов) и вуаля - можно потом точно так из любого скрипта открыть и выбрать любое сохранение.

PS: и "табы" сохранять бы... Чтобы не всю конфигурацию, а её тематическую часть. В предложениях давно видел.