По пп 1-6. Вообще такие вещи надо оформлять в тикеты в наш саппорт через Ваш ЛК. Есть некая утвержденная процедура работы с обнаруженными проблемами (и подозрениями на проблемы). Неправильно её нарушать.
Сами понимаете: сегодня я прочитал Ваше сообщение на форуме и может что-то ответил, а завтра в отпуске или мало ли что в жизни бывает...

п1. Задержка в появлении панели скорее всего какая-то особенность.
п2. Размер и положение панелей должны сохраняться в воркспейсе. Ctrl+S. Еще настройка программы есть: "Предлагать сохранять воркспейс при выходе из программы"
п3. Настройки агентов не должны зависеть (по возможности) от редактирования скрипта. Вы
точно запускаетесь в режиме агента, а не из Лаборатории?
п4. Надеюсь, сделаем (со временем).
п5. "Менеджер команд" при работе с опционами не используется. Вы же не будете подтверждать каждую операцию дельта-хеджа?.. На практике полезна таблица My Trades + Position (общая позиция по счету).
п6. Похоже на багу.
Да и кстати, я говорил, что разработчик по профессии, но не программист...
Бизнес-аналитик? =) Просто интересно.