Знаю только о выводе сообщений в лог:

public void Execute(IContext ctx, ISecurity sec)
{
ctx.Log("Какое-то условие выполнено", new Color(255, 0, 0));
}

Существуют ли другие способы? Нужно сделать так, чтобы было либо звуковое оповещение, либо выскакивало какое-нибудь окошко, а лучше все это сразу.

нет больше способов.

В менеджере уведомлений есть пункт "аудиофайл". Добавляем этот пункт, задаем файл, задаем фильтр сообщений при которых играть этот файл.
Еще можно в трей windows сообщения выводить. Будет всплывать сообщение из трея поверх всех окон. настраивается тоже через менеджер уведомлений