Вот что поддержка на этот счет пишет:

2014-11-06 17:58 1Gb.ru: На любой виртуальной машине время убегает, это неизбежно к сожалению. Если такое убегание, ставьте еще чаще.
2014-11-06 18:07 Вы: А почему это не избежно?
2014-11-06 18:09 1Gb.ru: ну так устроено
в google можете ввести virtual server clock drift и почитать результаты, там для всех систем есть такая проблема

Настроил обновление на каждые 30мин. Поглядим.