Очевидно следующее:
1. Выяснить какую комиссию берет Ваш брокер.
2. Выяснить хотя бы приблизительное среднее кол-во сделок в скрипте с переносом через ночь, если считаем за год, либо всех, если берем всю историю. (видимо самая сложная задача, в лаборатории берем дата входа и дата выхода, если не совпадает последняя, то +1 на счетчик обновляемого значения)
3. Применить "относительную комиссию"(или другую, в зависимости от комиссии Вашего брокера) с учетом отношения всех сделок(или за год) к тем, что с переносом.