Сделать так чтобы менеджер уведомлений можно было удобно настраивать. Чтобы в нём настраивались не то что мы хотим исключить из уведомлений, а наоборот то что я хочу получать. Например я хочу получать только сообщения о сделках, для этого мне сейчас надо получается исключить все остальные сообщения. По моему, это очень странно.

Фильтр - Транзакции - Сделки (Заявки).
http://www.tslab.ru/docs/1.2/online/index.html?alert_manager.htm

Да, согласен, это для пользователя неудобно. Это проявляется, когда нужно настроить фильтрацию из нескольких фильтров.
У нас есть в планах задача по переделке этой подсистемы, как только высвободятся ресурсы.