В режиме агента ОЗ будет некорректно обновляться, если для обновления или условия обновления ОЗ используются блоки использующие данные о позициях. Например, "Есть активаная позиция", "Цена входа" "Кол-во"и т.п.

Данных из этих блоков можно использовать только для накопления данных, пока позиция активна. Т.е. для расчета цен выхода из позиции. Флаг "Не очищать" при этом должен быть убран, т.е. ОЗ должно начинать накапливать данные заново, после открытия позиция.
Повторяя. Когда позиция закрывается значение этих ОЗ становятся неопределенными. Т.е. в режиме лаборатории вы получите одни данные, а в режиме агента этот скрипт работать не будет.

В итоге была добавлена новая опция "Имит. очередность позиций" в торговые настройки Агента.
Эта опция имитирует постепенное включение существующих позиций при расчете очередной итерации (пересчет агента). Если она отключена, то блоки с позициями будут работать так, как написано в начале ответа(в режиме агента ... ).
Если опция включена, то будет работать, как в лаборатории, но могут быть сбои в расчетах, если были входа/выхода не совпадающие с расчетными.