Не уловил момент когда это произошло. На подозрении 3 момента - то ли обсуждаемое сохранение, то ли момент перехода на версию 1.2.7.0, то ли то, что после установки 7.0 запустилась 32-битная версия (обычно пользуюсь 64).
Фокус в том, что поменялись сразу несколько настроек цветов - цвет баров и цвета нескольких линий, выводимых на левую шкалу основного окна. При том, что я эти настройки вообще не трогал, а где переключаются бары только раз видел и даже не помню где это находится.

Если такое бывает с цветами, то теоретически возможно и с чем угодно. Может привести к ошибке, которую потом 100 лет надо будет искать.