Нет, наверно все таки дело какие именно изменения были сделаны в скрипте. Можете указать после каких действий скрипт не сохраняет изменения? Признак модификации скрипта при этих изменениях появляется (значок * в заголовке окна)?
Сейчас в версии 1.2.7.0:32 значок "*" появляется после каждого чиха. Например при вызове свойств скрипта нажимаем применить=>ОК и флажок появляется (хотя казалось бы это окончательное сохранение). Нажимаем выполнить и значок исчезает.
В этой сборке ещё не сталкивался с несохранением копии (только в предыдущих). Но если проблема проявится опять, обещаю информировать саппорт со всеми логами, скринами и описаниями