А чего все плюсуем?)) на какой версии это происходит и после каких изменений? попробовал у себя несколько раз и все сохранилось...
тут такая тонкость присутствует: если после нажатия "сохранить и выполнить" переключиться на другую вкладку, то сохраняется, а копия на той же вкладке не сохраняется.
Я конечно сохраняю кнопой, потом пуском, потом в свойствах скрипта "применить" потом меняю вкладку для верности. Но как то это.........