Да, после редактирвоания свойств скрипта не выставлялся признак модификации скрипта (* в заголовке окна), поэтому изменения в настройках терялись. Единственно это не в последних сборках а гораздо раньше. Но не важно, в сегодняшней сборке это будет поправлено.