Тестирую стратегию на Si, в настройках провайдера данных указываю коэфф. кредитования 28, как и должно быть. Размер начального депозита 10000, вид имитации - по умолчанию, торговля 1 лотом.
При этом в результатах фигурируют 1084% годовых, хотя должно быть 37,42%
Как это понимать?

"вид имитации - по умолчанию" - не использует размер депозита.
http://www.tslab.ru/docs/1.2/online/

Как тогда правильно протестировать на 1 лоте с заданным размером начального депозита, чтобы корректно посчитались проценты?

Такого режима нет. Какой в нем смысл?

Как вариант, задайте коэф. маржи, чтобы для 10000р открывался 1 лот.

Смысл в корректном моделировании портфеля и управления капиталом. К сожалению, это одна из основных вещей, которых лично мне очень не хватает в TSLab, в отличие от того же Wealth-Lab.

задайте размер депозита, в коде можно определить размер позиции и расчитать текущий баланс. То есть сделать то что вы хотите.

Т.е. блок моделирования портфеля можно подключить как внешний скрипт?

скорее написать скрипт который будет сам учитывать размер позиции в зависимости от разных там условий.