Не знаю, так задумано или ошибка.
При переносе скрипта из 1.1. в 1.2. все флаги в свойствах скрипта, связанные с открытием и закрытием позиций, почему-то сбрасываются.
Так и должно быть?

Да. Из версии 1.1 сохраняется скрипт без настроек торговли.
В версии 1.2 загрузка скрипта требует торговые настройки.

когда переношу скрипт из 1.1 в 1.1 настройки сохраняются (сохранение настроек есть), а в при переносе в 1.2 - нет.
Возможно сделать, чтобы настройки оставались и в 1.2.?

нет

плохо.