Здравствуйте!
Программа не запускается с ярлыка, а только файлом TSLabApp.exe. Это нормально?
Также отсутствует базовый набор скриптов

Подозрение, что была установка поверх старой версии. В этом случае существующая база данных скриптов не переписывается.
Куда указывает ярлык?

Да, сначала установил поверх старой, но потом старую вернул назад и заново установил 1.2 в отдельную папку.
Ярлык указывает на TSLab.exe

Старая - это какая версия? Потому что 1.1 и 1.2 устанавливаются по умолчанию в разные папки.

Это понятно, но путь куда указывает? Подозреваю, на на то место куда первый раз инсталировали.
Лучше всего в данной ситуации деинсталировать TSLab 1.2, удалить ярлыки, если они остались, и папку c:\Users\<имя пользователя>\AppData\Local\TSLab\TSLab12\. И затем заново проинсталировать. Скрипты должны появиться.

Старая - это 1.1
Я поторопился ее обновить до 1.2 вручную, путем распаковки архива в соотв. папку. Не разобрался сразу, что они несовместимы...
Путь с ярлыка указывает именно в папку 1.2, так что здесь все правильно.
Сейчас переустановил по вашей рекомендации - появились скрипты, но запускается опять же только с TSLabApp.exe )