Почему? Переименовав скрипт, Вы запускаете уже агент с другим именем, а значит с новой историей. В версии 1.2 можно запускать и старый агент. Нужно только выделить агента в управлении агентами и нажать кнопку "Забыть текущие торговые ошибки", при этом агент нарисует закрытия позиций по текущим свечам, но лишь виртуально, при этом старая история торгов сохранится.
http://youtu.be/vDZ68OivTWQ?hd=1&t=10s