Логика программы предусматривает, что если появилось что-то новое и важное, о чем необходимо знать и что может повлиять на результаты работы уже готовых скриптов (то есть текст сообщения в окне изменился) - то галка будет сброшена и это окно вы увидите снова, но уже с новым текстом. Для отказа от его просмотра галку надо будет ставить заново.