Брокер исполняет заявки по очереди поступления. Например если в скрипте два независимых входа в лонг и шорт, то скрипт будет вести две эти позиции, до тех пор, пока они не будут закрыты скриптом. Но с точки зрения брокера у Вас будет нулевая чистая позиция. Если я правильно понял вопрос.