Блокировка сесии Windows не влияет на работу запущенных программ. Но тут нужно учитывать, особенно на лептопах, что компьютер после переведения в режим блокировки через некоторое время может перейти в режим сна/гибернейта. В этом случае все запущенные программы "заморозятся".