На этот счет идеи. Можно добавить в API кеш, который не будет очищаться между расчетами (между остановкой и запуском скрипта сохранения не будет).
На самом деле, программа дожидается уведомления при выставлении заявки. Но если пересчет идет по обновления стакана, то действительно список заявок может не успеть обновится. В версии 1.2 он обновляется по другому принципу и скорость подготовки сильно улучшена против 1.1. Попробуйте HFT скрипты в ней.