Выяснил, что проблема в папке с логами. Указал для нее другой путь в настройках провайдера данных и свободное место стало исчезать на другом логическом разделе. При этом уже блоками по 1024 кб. Раньше было 2048 кб. Уровень логов в настройках стоит минимальный, менял на стандартный - разницы в части использования свободного места по сравнению с минимальным визуально нет. А если поставить максимальный - свободное место начинает исчезать значительно быстрее.