Скрипты хранятся в общей БД программы. Поэтому пропадание скриптов означает что что-то происходило при записи скриптов в БД. Можно привести последовательность действий приходящих к такому эффекту, если это устойчиво повторяется?
И можно прислать логи на support@tslab.ru за тот день когда произошло пропадение скриптов.