Это сделано не просто так, потому что мы или microsoft захотели. На Windows XP это все без разницы, но уже на висте а тем более на Windows 7 с включенной UAC у пользователя будут проблемы. Система не дает писать программе в папку Program Files даже с правами администратора. И это правильно. Туда может писать только программа инсталяции и там должен быть только код программы.
Но еще куча программ живет по старому. Для примера попробуйте поставить квик на 7 и поработать.