Сохранение скрипта не связано с сохранением конфигурации, т.е. если сохранить конфигурацию, то признак модификации скрипта не уйдет. Для этого надо нажать значок сохранить справа на тулбаре http://screencast.com/t/lJLCBn3Lc .Или, при закрытии окна редактора будет выведен запрос на сохранение.