1. имеющаяся схема - неудобна
2. да, лично я бы предпочёл, чтобы layout (схема) расположения окон конкретного скрипта сохранялась вместе со скриптом и восстанавливалась при его загрузке. Это единственное интуитивное поведение. TSLab - система однопользовательская, поэтому пользователь, настроив её под себя, вправе ожидать, что настройки будут сохраняться.
А для восстановления стандартного расположения приделайте одну кнопку "Сброс".