SD v4 сейчас в хорошем плюсе. странно, что хочется что то менять (впрочем дело хозяйское). Ситуация когда открыты встречные позиции внутри скрипта нормальны, логичны, были задуманы при написании. Внутри скрипта как бы три разных скрипта, каждый со своей логикой и каждый тянет свои позиции. Ситуации когда они идут навстречу лишь способ диверсификации позиции. Что бы закрыть позиции по скрипту полностью, надо в менеджере закрывать все открытые им позиции (не обязательно все 3 могут быть открыты).