Я добавил код, который восстанавливает комментарий у сделок, даже если заявки для нее нашлось. Это должно решить подобную проблему в будущем, хотя почему заявки исчезли пока не понятно.
В принципе, текущий хмл кеш не рассчитан на такое количество заявок, поэтому рекомендуется его очистить (удалить), чтобы ускорить операции по чтению/записи. Если это сделать все запомненные заявки пропадут, поэтому лучше это делать, когда нет открытых позиций.
В версии разрабатывается 1.2 другой механизм хранения кеша и там этой проблемы не будет.