В этой ситуации необходимо остановить скрипт, руками выровнять позиции

Переименовать скрипт - можно сменить ему торговое имя в портфеле, можно реально переименовать.
Запустить скрипт - он начнет новую жизнь с нуля

По двойному выходу - пришлите пожалуйста логи и номера заявок на http://support.tslab.ru/ - будем смотреть, что именно произошло.