Учитывайте, что фильтры работают по логическому AND, т.е. чтобы сообщение прошло дальше (на обработчик) оно должно соответствовать всем установленным фильтрам.

У меня сейчас вот так настроены фильтры

Понятно, так оно работать не будет. Фильтр который отсеивает 50е события, будет отсекать 100е и пропускать только 50е, а второй фильтр отсеит оставшиеся 50е.
К сожалению, в данный момент простого решения нет, подумаю как можно доработать этот фильтр. Не хотелось бы сильно его усложнять.
Пока, как решение, предлагаю сделать два емейл обработчика и у каждого будет по одному фильтру, в первом по 50м, во-втором по 100ым сообщениям.

Хорошо. Буду ждать доработки фильтра.