Как я понял у вас интервал 1сек или тики. Поэтому кстати и не срабатывает "ручной" взод, заявки обновляются быстрее, чем нажимаете на "выполнить"...
Пропуск на таком интервале мог быть легко, где-то притормозились данные, пришли "пачкой" и бар входа оказался не последним, а предпоследним. Если тики, т.к. это вообще в порядке вещей, скрипт пересчитывался или выставлял заявки, а новые данные то идут. Вообще на тиковых алгоритмах использовать вход по рынку - не правильно. Реальная цена входа будет совсем другая.

Короче, на таких интервалах, нужно вырабатывать для программы какой-то иной интерфейс.
Например, можно сделать параметр, аналогичный "Автовыход, баров", сделать такой же "Автовход, баров". Тогда пропуски должны исчезнуть.

Что касается сообщений с алертами, которые "убегают" при таком частом пересчете. То тоже нужно подумать, возможно фильтр сделать (только алерты)