С потерей еще будем разбираться, пока непонятно как получилось.
Рекомендация для "профилактики" таких случаев, кроме резервного копирования, включить флажок "Создание резервной копии конфигурации" в настройках программы. Тогда перед каждым сохранением старый файл конфигурации будет переименовываться в *.tlw_backup, а потом записываться новый. Т.е. всегды будем копия предыдущей конфигурации.