Есть скрипт, там два источника, разных, от одного данные, по другому сделки, сделал их одинаковыми, и тут же сразу стало в два раза больше сделок! так надо?

Если имеется в виду окно Сделки скрипта, то так и будет.

странно, почему так?

Потому что формально - это два разных потока с данными, но данные у них общие. Поэтому дублируются.