Если сделок/заявок много (тысячи и десятки тысяч) то удаление может немного улучшить производительность.
Для удаления нужно удалить файлы Tradex.xml и Orders.xml (а так же бакапы с похожими именами) в кеше.
На ведение позиции, конечно, повлияет, все же сделки исчезнут, скрипт не будет ничего знать о том, что было раньше.