Скрипт выдал сообщение "пропущен сигнал выхода, нужно вмешательство.." и т.д.
Но тред продолжает идти в нужном направлении и ручной выход в данный момент нерационален, ну как говорится и ничего..
Но нюанс в том, что начиная с момента пропущеного выхода перестал работать трейл-стоп, а другого выхода в скрипте не предусмотрено. Прходится всё время отслеживать, чтобы вовремя выйти вручную.
Вопрос - можно ли при этом не останавливая скрипт снова запустить трейл.

нет. Выход считается пропущенным.